A főosztály tevékenységének fókuszában a lakosság egészségének megóvása, az életkörülmények javítása, a közegészségügyi biztonság megtartása áll. Település-egészségügyi szakterülete kiterjed az ivóvízre, természetes fürdővizekre, medencés fürdőkre, természetes gyógytényezőkre, talajra, a közszolgáltatás körébe tartozó és az egészségügyi szolgáltatóknál képződő hulladékokra, a belső terekre, a biológiai allergénekre, a temetkezéssel és halottakkal kapcsolatos hatósági eljárásokra, illetve a nemdohányzók védelmére. Feladata a makro- és mikrokörnyezetből az emberek egészségét közvetlenül vagy közvetetten befolyásoló biológiai, fizikai és vegyi tényezők mindenkori állapotának folyamatos vizsgálata, a lakosság egészségére káros hatások és az ártalmak okainak feltárása.

Részt vesz a hőségriasztás országos rendszerének működtetésében, valamint a klímaváltozásból eredő közvetlen és közvetett egészségi hatások korai felismerését szolgáló módszerek kidolgozásában.

Hatósági feladatokat a vízhigiéne, a hulladékgazdálkodás és a nemdohányzók védelme kapcsán lát el. Ezek keretében az ivóvíz- és a használati melegvíz-ellátásban a vízzel közvetlenül érintkező termékek engedélyezésével, az engedélyek megújításával és módosításával, továbbá a szűrőanyagok és ivóvízkezelő vegyszerek nyilvántartásba vételével foglalkozik. Piacfelügyeletet gyakorol a vízhigiéne területén alkalmazott termékek felett, és nem megfelelőség esetén intézkedik. Hatásköre kiterjed a mikrobiológiai preparátumok és enzimkeverékek forgalmazásának nyilvántartásba vételére is. Mindemellett feladata a dohánytermékek gyártásában új adalékanyag alkalmazásának bejelentése, valamint az új dohánytermék-kategóriákba tartozó dohánytermékek, az elektronikus cigaretták, utántöltő flakonok és a dohányzást imitáló elektronikus eszközök bejelentése.

Koordinálja a népegészségügyi feladatkörben eljáró kormányhivatalok és járási hivatalok piacfelügyeleti hatósági munkáját a közétkeztetés, az iskolabüfék, valamint a kozmetikumok területén. Közreműködik az élelmiszerek útján bekövetkezett egészségkárosodások okainak feltárásában, és kezdeményezi a járványügyi kivizsgáláshoz szükséges intézkedések megtételét.

Nemzeti hatóságként ellenőrzi a kozmetikai termékek Magyarországon tárolt termékinformációs dokumentációját. Ellátja a kozmetikumokkal kapcsolatos szakértői feladatokat, valamint kiadja a kozmetikai termékek exportálásához szükséges igazolásokat.  

Az Európai Unió tagállamaiban működő élelmiszerekre és nem élelmiszerekre (kozmetikumokra) vonatkozó gyorsvészjelző rendszerekkel (RASFF és ICSMS) kapcsolatos eljárások népegészségügyi koordinációs feladatait végzi.

A gyermek- és ifjúság-egészségügyi szakterületen kidolgozza és vizsgálja az oktató, nevelő és gondozó intézmények, valamint a szabadidő eltöltését, rekreációt biztosító létesítmények közegészségügyi követelményeit.

Fogadja az étrend-kiegészítőkre, valamint a jogszabályok alapján bejelentésköteles, specifikus csoportoknak szánt élelmiszerekre (anyatej-helyettesítő, anyatej-kiegészítő tápszerek, speciális gyógyászati célra szánt élelmiszerek, testtömeg-szabályozás céljára szolgáló, teljes napi étrendet helyettesítő élelmiszerek) vonatkozó bejelentéseket. A bejelentésköteles készítmények esetében dönt a nyilvántartásba vételükről vagy elutasításukról. Részt vesz az anyatej-helyettesítő és anyatej-kiegészítő tápszerek fogyasztásával összefüggő egészségi ártalmak felderítésében és kivizsgálásában.

Népegészségügyi feladatkörben eljárva a speciális gyógyászati célra szánt élelmiszerek elsőfokú hatósági ellenőrzését végzi, és intézkedik a feltételezett minőségi hibák kivizsgálásáról. Piacfelügyeleti hatóságként eljár és intézkedik.

A főosztály részt vesz továbbá a hazai és nemzetközi szakmai-tudományos szervezetek és társaságok munkájában, közreműködik a közegészségügyben dolgozó szakemberek továbbképzésében, és felkérésre az egyetemeken folyó doktori képzésben a főosztály működését érintő témákban.