Az eszközök tisztítására szigorú fertőtlenítési szabályok és előírások vonatkoznak. A szakasszisztensek jól ismerik a fertőtlenítés, sterilizálás szabályait, mivel elméleti és gyakorlati oktatásban egyaránt részesülnek. Az eszközök tisztítása, fertőtlenítése kifejezetten erre a célra gyártott mosógépekben történik a vizsgálatok között.