A főosztály engedélyezi és ellenőrzi az egészségügyi szolgáltatók tevékenységét. Budapesten, valamint Debrecenben, Győrben, Kaposváron, Miskolcon, Szegeden és Veszprémben rendelkezik telephellyel.

Országos szinten számos egészségügyi szolgáltató engedélyezését és ellenőrzését végzi: hatáskörébe tartozik a fekvőbeteg-szakellátás, a mentés és betegszállítás, valamint a vérellátás, hemodialízis, sejt- és szövetbanki, biobanki, in vitro fertilizáció, klinikai genetikai, genetikai tanácsadási, molekuláris genetikai laboratóriumi diagnosztikai tevékenység is. Szintén a főosztály engedélyezi és ellenőrzi azoknak a szolgáltatóknak a működését, amelyek a fekvőbeteg-ellátás mellett járóbeteg-ellátást is nyújtanak, illetve az ügyeleti szolgáltatást nyújtó háziorvosi és házi gyermekorvosi szolgáltatókat is, ha az ügyeleti ellátásról az állami mentőszolgálat gondoskodik. A szolgáltatók felett szakmai felügyeletet is gyakorol, és javaslatot tesz létesítésről, fejlesztésről, megszüntetésről és módosításról.

Irányítja a szolgáltatók működését is: dönt a kapacitásokról, az ellátási területekről és az átcsoportosításokról, továbbá kivizsgálja a panaszokat, közérdekű bejelentéseket is. Az ellátás javítása érdekében szervezeti, szervezési intézkedéseket javasol.

Hatósági feladatkörében hozzájárulást ad a szervek és szövetek Magyarországról külföldre, illetve külföldről Magyarországra szállításához, valamint az Eurotransplant szerződés alapján közreműködik a szervátültetéssel kapcsolatos hatósági feladatok elvégzésében. Évente adatgyűjtést végez, és jelentést készít a szövetek vizsgálatához, feldolgozásához, tárolásához, elosztásához kapcsolódó jelentős káros eseményekről, illetve a szövetek beültetése vagy kivétele során észlelt súlyos szövődményekről.

Működteti továbbá a hatósági szakfelügyeleti rendszert, közreműködik az ápolási, szakdolgozói szakmai felügyelet irányításában. Összehangolja az ápolási szakfelügyeleti tevékenységet, és hatáskörébe tartozik a védőnői feladatok szakfelügyelete is.

Nyilvántartást vezet az egészségügyi szolgáltatókról, a működési engedélyekről, az egységek által végezhető szakmákról és az azokon belül végezhető tevékenységekről (ESZENY). Szintén a főosztály feladata a HENYIR működtetése, amely az egészségügyi szolgáltatók nevében és felelősségére egészségügyi tevékenységet végző egészségügyi dolgozóknak a tevékenységük végzésével összefüggő adatait gyűjti. Nyilvántartást vezet továbbá az ügyeleti, készenléti ellátások, betegbeutalások területi rendjéről, szakellátási kapacitásokról, ellátási területekről. Szintén itt gyűlnek az adatok a biobankokról, illetve az érvényes kutatási engedély alapján genetikai mintát, adatot tároló intézményekről és az egészségügyi intézményeknél elhelyezett újszülött inkubátorokról.